前情提要：Coulson秘密跟踪Ward和Fitz来到外星球——Hydra组织多年来一直试图在这里找到一个古老的异人族。Fitz和Simmons的旧情人Will策划了一个逃跑方案，但Fitz最终意识到Will早就死了，那个异人族将Will的躯体当做它的宿主。Coulson为给Rosalind报仇而杀死了Ward，Fitz则射杀了Will，但那个异人族并没有死，而是跳出Will的尸体进入了Ward的尸体。每个人都穿越传送门回到地球，占据Ward尸体的异人族立刻联系上Gideon Malick，它的动机成迷。

在3×11《Bouncing Back》中，三个月过去了。经历Maveth之旅的Coulson进一步坚定了彻底除掉Hydra组织的决心，但他必须首先找到Gideon Malick。与此同时，Daisy和队友遇到了更多异人族成员，他们拥有令人赞叹的超能力。但……他们是神盾局的朋友还是敌人？Daisy和Mack意识到他们无法继续在公众面前隐瞒异人族存在的事实，于是将寻找更多异人族成员作为当前的主要工作。他们将建造一个「秘密勇士」团队，用于训练和保护其他有超能力的人。但是异人族的存在成为一个棘手的问题，公众对此事的观念分歧严重，神盾局小组面临许多困难。更糟的是，一些持极端意识形态的组织开始和神盾局小组争抢这些异人族，他们随时可能被对手击败。

当渴望保护异人族和渴望毁灭异人族的双方开始尖锐对立时，力量倍增的Grant Ward带着Hydra组织卷土重来。这一次，Ward不再是那个背叛了神盾局的人类恶徒，而是一种全新的敌人：他的身体已经被外星寄生虫「蜂巢」（Hive）占据。「蜂巢」拥有控制宿主身体和大脑、吸收宿主全部记忆和技能的超能力。但是我们有理由相信，Ward可能没有彻底丧失自己的思想。目前「蜂巢」有何动机、有何目的、有何力量，神盾局完全不知情。在不知对手深浅的情况下，神盾局必须尽快召集「秘密勇士」团队以提升自己的实力。此举将导致一些团队成员变得更亲密，但也导致其他人四分五裂。

Adrianne Palicki和Nick Blood将在本季结束前跳到衍生剧（目前只是试映集）《最高通缉》（Most Wanted）中担任主演。虽然我们不清楚他们的角色Bobbi Morse和Lance Hunter在本季下半季发生了什么事，但ABC试映集《最高通缉》（Most Wanted）的剧情梗概这样写道：Bobbi Morse和Lance Hunter被迫逃亡，他们没有朋友，没有神盾局的帮助，而且一长串敌人出高价要他们两人的脑袋。他们无法信任别人，只能信任彼此。他们与流氓探险家Dominic Fortune结为不靠谱的朋友——此人有令人赞叹的资源和人际关系网，但也有比他们还多的敌人。Dominic同意保护Bobbi和Lance，只要他们也同意帮助他完成他的计划。他们将帮助一切需要帮助的人，同时揭开那个当初导致他们身陷险境的巨大阴谋。

与此同时，Malick意识到自己可能打开了潘多拉魔盒，让那个古老的异人族来到地球绝非好事。问题是……他要怎么做？另一方面，Coulson不能原谅自己杀死Ward的行为，他开始质疑自己的道德观。Simmons同样为信任Andrew而感到深深自责，她的信任最终导致Andrew杀死了围场内的所有异人族。至于Fitz的Simmons的关系，Elizabeth Henstridge暗示道：「Jemma的感情并没有改变……他们的关系只会变得越来越强。」