前情提要：Toby终于向Happy求婚，Happy被迫承认自己已经结婚了（《蝎子团队》剧组和《实习医生格蕾》剧组商量过？）。与此同时，Walter准备向Paige表白爱意，但Paige已经启程和Tim共度浪漫之旅。

在3×01《Civil War》中，一个匿名黑客控制了美军战机和战舰，将武器对准美国自己的城市，蝎子团队必须摆脱个人和爱情困境才能尽快查明对方的动机，阻止一场浩劫。在3×02《More Civil War》中，黑客仍然牢牢控制着美国海军的驱逐舰，但是Scorpion的调查工作取得了一定进展。正当他们准备采取下一步行动时，突然得知一艘美国核潜艇也被黑客入侵，潜射核导弹即将发射。

关于本季，你还需要知道……

Walter来到了太浩湖，但他对自己的发现感到非常惊讶。

观众会在前六集内知道Happy丈夫的身份，他们之间并没有真正的爱情。Happy多年前陷入了这种窘境，从未完全获得解脱。她不能与那个男人离婚，也不能嫁给Toby，否则会出大问题，「许多多米诺骨牌将倒下」。事实上Happy没打算再次结婚，也没有做好结束这一切的准备，问题是……Toby可能无法承受现实。

在爱意明朗之后，Walter的内心会发生重大转变，他的行为和以前有点不一样了。本季Paige和Walter的关系会变得非常复杂，只有Cabe能确保Paige、Walter和Tim三人的爱情纠葛不会变成影响工作的大问题。但是Cabe自己也很为难：他想保护Walter，但Tim是他在国土安全局的同僚，他没法偏袒任何一方。此外，他对Walter的行为的确有些不满：「你的行为就像个白痴。」

在3×03中，Walter将进入太空执行一项任务。由于氧气泄露，Walter的意志开始模糊，他在恍惚中再次想到了Paige。「观众将看到Walter内心深处对Paige的真实感觉。」

蝎子团队本季的其他任务包括：调查Ralph一名同学（患有孤独症）的神秘失踪案；在一家博物馆过夜；前往Walter的爱尔兰家乡；深入探索Paige的过去（她的母亲将第一次亮相）。

数学家Sylvester决定参加当地的政治选举——因为他最喜爱的漫画书店面临威胁。大多数人是为了经济利益而去投票，但他却是为了漫画书。Sylvester比普通人要聪明很多，或许一个聪明人真的能改变一些事情。

制片人承诺「本季会有至少10种类型的新故事」，其中许多与新科技有关。