在2×01《This Guilty Blood》中，Valentine和他的社团越来越强大，暗影世界陷入混乱，「The Clave」组织对最近发生的一系列事件的反应令暗影猎人团队失望透顶。在接下来的旅程中，忠诚将面临考验，不靠谱的信任将逐渐形成，个人关系将被逼到极限，魔法世界的人将进入一个全新的世界。

当第二季开始时，故事时间只过去几个小时（亦说是几分钟）。Jace随Valentine一起离开，学社内部一片混乱。Alec、Isabelle和Clary拼命想要找到Jace，但是Victor Aldertree阻止了他们的行动。Victor发誓要将学社拉回正轨，他这话绝非随口所言。但是让纽约的暗影猎人团队与「The Clave」组织保持一致几乎是不可能的，因为这与Alec、Isabelle和Clary营救Jace的计划背道而驰。与此同时，Jocelyn在苏醒之后有许多功课要做。Nick Sagar本季扮演迷人的「The Clave」组织代表Victor Aldertree。

另一方面，Valentine要求Jace宣誓忠诚，并让他进行一系列非常残酷的「忠诚考验」，Jace被迫重新评估自己过去认为理所当然的一些事情。为了完成所谓的考验，Jace有时必须冒失去自我的巨大风险。如果这还不足以让人吃惊，Valentine将在2×01中透露更多令人吃惊的真相，这次Jace是完完全全地惊呆了。Jocelyn和Clary将讨论一些难以启齿的家庭问题，包括Jonathan和「暗影猎人的存在」，还有……「妈妈，你为什么要嫁给一个变态狂？」

在2×02《A Door Into the Dark》中，「The Clave」组织高层下令对Jace格杀勿论，Alec和Isabelle必须抢在其他暗影猎人之前找到他。Simon也在独自寻找Jace，当他同时与Raphael和Aldertree发生矛盾之后，他决定向Magnus寻求帮助。Clary仍然没有归属感，她似乎无法融入暗影猎人的世界，但也无法回到普通人的生活中。在2×02《Parabatai Lost》中，Jace离开学社之后发现自己的情况在不断恶化——不仅Aldertree和暗影猎人对他穷追不舍，纽约的狼族坚信他是个杀手，因此也在追杀他。与此同时，Raphael逼迫Simon尽快找到Camille，Simon独自展开搜索行动。

《吸血鬼日记》（The Vampire Diaries）演员Paul Wesley本季将执导一集。