本季的情节依然非常神秘，目前我们知道的所有信息如下：

本季有10集，比第10季的6集多了4集。Mulder和Scully将调查一系列新案件，其中大多数为独立案件。该剧将重回单元剧模式，主线故事大为减少。

这可能是Gillian Anderson演出的最后一季，至少她自己这么说。在没有见到任何官方声明之前，我们还不能判定这件事已经定音。

Mulder和Scully可能再次成为一对情侣。在分开多年之后，Mulder和Scully重燃爱火不仅很正常，也是所有剧迷乐意见到的。如果本季确实是Gillian Anderson的最后一季，那么这种剧情设定更加有必要。

无论你是否喜欢第10季的情节（致命的斯巴达病毒已经被释放），它都将对本季产生深远影响。

11×01将解释你在预告片中看到的令人困惑的镜头：Mulder在上季结尾被外星病毒感染后生命垂危，为什么现在已经没事？Scully原本好好的，为什么现在躺在病床上？制片人信誓旦旦地说，绝没有任何人能猜到其中的缘由，但表示这件事会把Mulder和Scully引向新的冒险之旅。

Mulder和Scully的儿子William将是本季最重要的角色之一。Mulder和Scully在第九季中将他送人收养，这是他第一次回归。毫无疑问，儿子是拉近Mulder和Scully关系的重要因素之一，但我们无法确定William究竟是好是坏、是正是邪。他从小就有特殊的能力，如今已是少年，他身上的情况更加复杂。Mulder和Scully拼命想要找到William，但显然他们不是唯一在寻找他的人。

William B. Davis再次扮演Mulder的父亲、那个被称作「癌人」的大烟鬼。11×01将进一步交代「癌人」的背景故事及他与Mulder、Scully、William的复杂关系。

Barbara Hershey扮演多集角色Erika Price，一个神秘组织的领袖，Mulder、Scully和她第一次打交道就起了冲突。「癌人」似乎与这个组织有着千丝万缕的联系，与Erika Price也有着私人恩怨。

Glen Morgan、Darin Morgan、James Wong等《X档案》的资深作家本季参与创作。此外，为了应对批评，该剧引入了三位女编剧和两位女导演。

Mitch Pileggi再次扮演剧迷喜爱的角色Walter Skinner，这位联邦调查局局长有不少戏份，其中有一集将专门揭示他的背景（包括他与Mulder、Scully共事之前的生活）。当Mulder和Scully陷入「癌人」和Erika Price的冲突时，Skinner的忠诚度很可疑。

本季有很多观众熟悉的老面孔：Annabeth Gish再次扮演前联邦探员Monica Reyes，Veronica Cartwright扮演Cassandra Spender，Chris Owens扮演Jeffrey Spender，Dean Haglund扮演Langly。Langly是孤枪客之一，他在第九季中已经牺牲了。他如何回归？现在还不知道。第10季的Lauren Ambrose和Robbie Amell也会出现，再次扮演联邦探员Liz Einstein和Kyd Miller。

本季也有很多新面孔：Haley Joel Osment在Skinner的主题集中扮演一个未知角色，喜剧演员Brian Huskey在气氛欢闹搞笑的11×04中出现。William由谁扮演，目前还不知道。

本季是单元剧，意即多数集都是「一集一个怪物」的故事。有两集剧情涉及主线，它们在这些单元集中起到桥接作用。所有集的细节都未公布，目前只知道11×03可能聚焦致命的「幽灵」（doppelgangers），另一集是希区柯克经典电影《西北偏北》的翻版。

Karin Konoval将在某集中扮演「多个角色」，但却不是她在第四季中扮演过的标志性角色Peacock太太。