惊人的事实曝光后，Chandler舰长和他的团队在巴尔的摩知晓了这个国家的命运——以及他们自己的命运。尽管他们遭遇了严重挫折，但他们还是决定与一个地下抵抗组织联合起来击败所谓的总统Amy Granderson（她命令马里兰州警控制了内森-詹姆斯号和病毒的原始样本，她还决定只用解药治疗「有用之人」，从而建立一个「完美的社会」）。解药的剂量已经很少，仍然被囚禁在Avocet的Rachel试图尽其所能为患病者做些善事。与此同时，Slattery和内森-詹姆斯号的船员必须争分夺秒营救Tophet并重新夺回战舰的控制权，他们要确保每一个人都获得解药——无论是否「有用之人」。

剧组介绍，第二季的主题思想是「什么是家？当我们回家之后，我们将面对什么？」第二季将进一步描述Tex和Rachel Scott正在快速发展的关系（但他们的关系非常复杂，相互尊重可能多于爱意，更可况有个船长夹在中间），同时增加更多悬疑情节——包括出人意料的联盟和令人痛心的背叛事件。第二季会有更多动作戏和战略、战术层面的情节，内森-詹姆斯号的船员将展现出更多「聪明与智慧」。Amy Granderson、Thorwald和内森-詹姆斯号船员的三方较量将得到「快速而高效」的处理。既然这是一场战争，那么绝非所有人都能生还。旧的不去，新的不来，第二季有人死亡也有新人加盟。其中一个新角色是漂亮的以色列女人，一名内森-詹姆斯号船员对她很有好感，他们将形成一种既爱又恨的关系。但他们是海员，他们不能在船上产生感情，这增加了第二季的看点。毫无疑问，所有「免疫者」（每百人中有三人不受病毒影响）感觉自己受到了威胁，他们将竭力阻止英雄们获取解药。他们动机或许并不邪恶（而是一种生存本能），但他们仍然是第二季的「反派角色」。