前情提要：Sam杀死了恐怖分子Tahir Khaled，为惨死的妻子Michelle报了仇。Kensi决定在感情问题上采取主动……她主动向Deeks求了婚！

在9×01《Party Crashers》中，Hetty递交退休报告之后便不知去向，上级派遣海军罪案调查处执行副处长Shay Mosley（Nia Long，本季为新常规演员）来洛杉矶主持工作。所谓「新官上任三把火」，她一来就做出重大人事调整。她的领导风格和Hetty、Granger都不一样，洛杉矶小组需要很长一段时间才能适应。她很顽固，在华盛顿有不少关系网，是经验丰富的「华盛顿内部人士」。她将自己的东海岸工作风格带进了西海岸团队，她认为洛杉矶小组应该比现在做得更好，「他们还有巨大潜力」……无论他们自己是否同意。她还带来特别探员Harley Hidoko（Andrea Bordeaux）作为助手。与此同时，Sam依旧在为死去的妻子伤心，如今独自一人住在海边上的一辆拖车里。另一方面，Sam坚持要求Callen找个新搭档。

本季将迎来全剧第200集。当本季开始时，故事时间与现实时间同步，意即「几个月过去了」。Sam依旧沉浸在伤心中，不愿归队，但本季首集发生的事情将他强行拖了回来。如同大多数带有政治色彩的剧集，该剧的制片人也想用时事热点来吸引眼球——于是本季首集的故事自然而然和朝鲜有关。Callen肯定希望自己的搭档回来，至于Sam是临时回归还是永久回归，那就是另一码事了。Sam仍旧不清楚自己最需要什么，他将花上好几集时间来思考并做出人生抉择。当他最终做出这些抉择的时候，会令Callen感到惊讶。

在Granger失踪后，Hetty决定私自展开调查。其他人被告知她正式退休了，一切看起来确实如此，但她没有向任何人道别。其他人有些纳闷，他们很想知道为什么。在洛杉矶小组找到Hetty之前，观众会知道她究竟在干什么。当Hetty离开之后，前特工处特工、现任海军罪案调查处执行副处长Shay Mosely将担任洛杉矶小组的负责人。她有很严格的规矩，在某种程度上对Kensi和Deeks来说绝对是大问题。Hetty能够容忍他们的关系，Mosely则完全不能容忍「办公室爱情」——尤其是其中一人本不该加入海军罪案调查处。在本季前几集中，Mosely会想尽办法把Deeks搞回洛杉矶警署去，因为她觉得Deeks「与其他人相比更像个平民」。更糟的是，Deeks和Kensi的关系似乎也会有些麻烦，因为Deeks迟迟不肯将自己和Kensi订婚的消息告诉母亲。