在4×01《And the Dark Secret》中，梵蒂冈教廷的一个秘密宗派发现一幅古代地图，上面记载了亚历山大图书馆（历史上首个图书馆）四块基石的具体位置，Flynn和图书馆员在一个意外的盟友的帮助下全力阻止这帮人找到它们，以免这帮人用这些实力强大的古物来摧毁图书馆。

在第四季中，图书馆员将再次冒生命危险来拯救世界。他们将直面圣诞老人的兄弟圣斯特凡诺（小偷、骗子和面包师傅的守护神），帮助一个被鬼魂控制的小镇免遭内战之苦，与一个专门盗窃赌徒「运气」的赌场作战，经历一场身体交换风波，并和一个来自过去的「时间旅行图书馆员」合作完成一项任务。但他们最大的挑战始在于图书馆内部。Charlene不再控制图书馆，一个图书馆员和一个守护者必须承担相应的责任。Jenkins组织了「拘束仪式」，这场灵魂仪式将把两人和图书馆永远关联在一起，也因此赋予他们永生。Flynn和Baird看起来是「拘束仪式」的不二人选，可正当他们准备做出牺牲时，一个Flynn过去认识的女人突然出现，揭露了图书馆最肮脏的小秘密。图书馆被黑暗的真相所困扰，令每个图书馆员都在思考：图书馆究竟是正是邪？过去几千年都只有一个图书馆员，现在是多个图书馆员一起工作，这是不是太危险了？图书馆员是否能过正常的生活？能否有爱情、友谊和亲情？图书馆员们还有许多研究工作要做，但这次他们首先要找到与自己生存密切相关的答案——而且没有任何书本和先知给他们指明方向。

John Noble将在第四季中扮演梵蒂冈教廷的红衣主教Monsignor Vega，他事实上是暗影异教徒兄弟会的秘密领袖。作为一个存在了300多年的罗马天主教会秘密分支，该组织奉行非常激进的教义，主要目的是让世界重返黑暗时代。但要做到这一点，他们必须首先摧毁图书馆。Rachel Nichols将扮演Flynn的前任守护者Nicole Noone，一个训练有素的女战士。因为13年前的一次事故（在整个《图书馆员》系列故事发生前），Flynn以为她早就死了。Nicole曾帮助Flynn调整心态面对图书馆员的责任。当年Nicole和Flynn一起阻止「死亡蝎子联盟」的忍者获取被盗走的HG Wells时间机器，但是这台时间机器爆炸了，Nicole当场丧生……至少Flynn以为她死了。现在Nicole突然再次出现，Flynn必须决定自己是否能信任这个神秘的女人……而且Nicole的存在令Flynn和现任守护者Eve的关系变得更加复杂。看起来Flynn和每一位女性守护者都有暧昧关系？