故事紧接上一季结尾。Kagame在爆炸中丧生,Sonya开枪射杀Travis并接管了Liber8组织。Travis奇迹般地死而复生,被警方羁押在一座戒备森严的监狱中。Kiera对于自己无力阻止悲剧的发生非常失望,决定离开温哥华警方「单干」——或许她游离于法律体系之外办事效率更高。Carlos和他的上司都支持她这么做,并承诺向她提供帮助和他们掌握的情报资源。
继父的死和继兄的被捕对Alec打击很大,未来的Alec给他「发」来的信息更让他难以接受。他从家里搬了出来,住到朋友的公寓中,在当地一家高科技商店中找了一份工作,并且拒绝应答Kiera的电话。
温哥华市长遭暗杀,Kiera答应帮助Carlos调查真相。在第一季结尾亲眼看见Kiera从爆炸中幸存并「凭空消失」的CSIS探员Gardiner发誓不惜一切代价找到Kiera解开谜团,他给Kiera带来不小的麻烦。Kiera虽然找到了杀害市长的凶器,但显然Liber8组织从中做了手脚,将罪名栽赃到当地一个黑帮老大头上。Sonya随后与一名继任市长候选人见面,双方谈妥了合作的条件。
Kiera使了一点小手段,终于让Alec答应再次帮助她。Kiera向Alec承诺她会阻止Liber8组织改写历史,但Alec对未来充满不确定感。Alec询问Kiera他们是否该相信未来的Alec所留的信息,Kiera称他们只可信其一半。
在未来世界,Alec录下了留给2012年Alec的信息并将它们直接上传到Kiera的记忆芯片中。2077年的Alec称自己走了一条错误的道路(他建立了未来的企业帝国,但是他现在后悔了),希望年轻的Alec能够阻止错误的发生。