故事承接上一季结尾，Audrey为帮助港湾镇消除异能决定牺牲自己进入谷仓，但Nathan却开枪射杀了Howard。谷仓开始坍塌并消失，Duke在最后一刻纵身跃进谷仓之内。流星雨从天而降，港湾镇遭受严重破坏……

Duke在雪白一片的「异世界」张开眼睛，看到了许多他不敢想象的事情，听到了许多他原本不可能听到的对话。但是只过了几秒钟，他就被百孔千疮的谷仓「抛」了出去。他坠入一片水域，扑腾了几下之后，他赫然发现这里竟然是波士顿某水族馆的鱼缸。

Duke被警方逮捕，并被带到医院进行检查。在和警察的对话中Duke发现自己只不过在谷仓里待了几秒钟，世上的时间已经过去半年！他失踪这么久，港湾镇的人都以为他死了。Duke无法自圆其说，而且随身携带着大量的假证件，警察决定继续扣留他。正当Duke心急如焚时，一个叫Jennifer的年轻女孩突然溜进了他的病房。她自称是波士顿的居民，从没去过港湾镇，但却不停听到Duke、Audrey、Howard等人在谷仓里对话的声音。在Duke的劝说下，Jennifer决定帮助Duke逃跑并随他一起返回港湾镇。

Duke与Dave取得联系，Dave将Nathan的下落告诉了他。Dave警告称Nathan现在是港湾镇的众矢之的，许多人都恨不能将他置于死地。此外，Nathan现在的状况很糟糕，和Audrey失踪前判若两人。Duke在一个摩托帮的地盘上找到了Nathan，发现他正在挨揍！他不怕痛，给人打几下不碍事，而且还有钱赚，何乐而不为呢？Duke劝说Nathan放弃这种颓废的生活，和他一起回港湾镇去寻找Audrey。

当Duke、Nathan和Jennifer抵达港湾镇以后，Jordan带着「守护者」组织的人将他们团团围住，誓要杀死Nathan来报仇。Nathan称他将找到Audrey，让Audrey用一劳永逸的方法来彻底终结港湾镇的异能现象。Audrey必须杀死她最爱的人才能达到这种效果，Nathan坚信那个该死的人就是自己，他愿意牺牲自己。被愤怒冲昏头脑的Jordan仍然对Nathan不依不饶（Nathan选择爱Audrey而不爱她），Dwight和「守护者」组织的领袖Vince赶来才控制住局面。他们命令Jordan退下——因为他们相信Nathan是个说到做到的人。

Nathan离开港湾镇之后，Dwight成了镇上的警长——一来他们不放心别人接手港湾镇，二来Dwight确实有能耐。Dwight一直信任Nathan和Duke，于是邀请他们帮助他解决最近镇上频发的异常现象。Audrey进入了谷仓，镇民们的异能却没有消失，这使得所有人都百思不得其解。

Nathan只想找到Audrey，不想管闲事，但一个女人利用异能控制天气，给港湾镇带来巨大的破坏，Nathan不能袖手旁观。这个女人和多数镇民一样将所有问题都怪到Nathan头上，称他的错误导致港湾镇无法摆脱异能的困扰。Nathan苦口婆心地对她进行劝说，让她接受失去丈夫的现实（她的丈夫死于心脏病，她的异能在丈夫死后重现）。这个女人终于平静下来，笼罩港湾镇的乌云散去，怪异的天气现象终于结束了。

Dwight让Nathan以普通警探的身份重回港湾镇警局。Duke称警方的资源对寻找Audrey有很大帮助，于是Nathan接受了。他们发誓一定要找到Audrey。与此同时在某个陌生的地方，Audrey正过着一种完全不同的生活——她现在名叫Lexie Dewitt，是一个时髦的酒吧女郎（鼻子上穿了鼻环），对于「Audrey Parker」的身份毫无印象。一个自称William的神秘人突然出现在是Lexie工作的酒吧里向她发出警告：如果她不能记起自己以前的身份，很多人将因此丧命。另一个神秘人也进入酒吧，持枪威胁Lexie。William将此人赶跑后向Lexie解释道：有人不想让他把真相告诉她。