前情提要：杰斐逊学院团队侦破了连环杀手Pelant的徒弟犯下的大案，Booth和Brennan决定辞掉各自的工作，回家去过安稳日子。

在11×01《The Loyalty in the Lie》中，（距离上季结尾）六个月过去了，Booth、Brennan、女儿Christine和刚刚出生的儿子过着梦想中的生活。Booth将充满谋杀的职业抛在脑后，当了一名FBI教员；Brennan的重心放在孩子身上，并未寻找新工作，但她已经在考虑多个工作邀请。在此期间，Brennan还写了一本新小说，发表了一篇学术论文。但是一个与这对夫妇有密切私人关联的案件迫使Brennan不得不再次参与遗骸的法医分析工作，Booth则神秘失踪了。联邦调查局立即启动了调查，派遣特别探员Grace Miller（Kim Raver）与James Aubrey探员合作寻找Booth的下落。Miller将杰斐逊学院团队的一名成员当做主要嫌疑人，导致团队内部关系骤然紧张。因为这起案件，Brennan不得不再次联系Booth的一名家庭成员（Dilshad Vadsaria）。实习助手Arastoo Vaziri（Pej Vahdat）在Brennan离去期间担任了杰斐逊学院团队的首席法医人类学家，他巴不得Brennan永远不要回来，自己可以将这个临时职位变成永久职位。

接下来会发生什么

Booth为什么会失踪？事实上他是被绑架了……为什么编剧会想出这个歪主意？因为David Boreanaz在现实生活中经历了一场健康危机，他不得不紧急离开剧组去医院接受诊断和治疗。这件事在本季第二集就解决了，不会一直拖下去。

Kim Raver扮演的Miller探员是一个很严肃的执法者，她并不了解Booth的为人，但她不在乎。她做了各种假设，包括「Booth可能做了一些非法的事情」、「Booth畏罪潜逃」。Brennan绝不可能喜欢Miller这样的女人，因此她们的矛盾不可避免。偏偏她们都是非常强硬的女人，谁都不可能首先做出让步。杰斐逊学院团队的其他人都不喜欢Miller，恐怕只有Aubrey能接纳她、容忍她。

Aubrey和Booth可能也会闹矛盾。在Booth离去的半年时间里，Aubrey成了一名优秀的联邦探员。他接管了Booth的办公室，他与Miller的合作还算融洽。通过Miller，你将看到Aubrey过去半年干了些什么，他究竟有多大的抱负（野心？）。Booth可能只想当一个优秀的士兵，但Aubrey相当将军。

11×10将重新定义Angela和Hodgins的关系，「那是一场巨变」。随后在下半季的另一集中，Booth和Brennan的关系也将重新定义。

好莱坞的老前辈Betty White本季将扮演一个实习助手，这位老太太是幻想橄榄球专家。

当Brennan回到杰斐逊学院实验室后，Cam和Arastoo的关系将出现非常有趣的变化（因为Arastoo的地位再次降级为实习助手）。他们必须做出一个重大决定。

一个非常英俊的男人来到杰斐逊学院协助Angela，引起了Hodgins的高度警觉。

Fox确认该剧的万圣节特别集和《沉睡谷》（Sleepy Hollow）的万圣节特别集是「情节交叉集」（10月29日）。在《识骨寻踪》中，Booth和Brennan发现了两具神秘的遗骸：其中一人最近刚刚死亡，另一人则死于美国独立战争时期，很可能是Ichabod Crane的宿敌之一。随后他们来到纽约，遇到了《沉睡谷》中的Abbie和Ichabod——他们也在寻找相同的线索——双方决定合作解开谜团。在随后播出的《沉睡谷》中，Ichabod的宿敌死而复生。为了阻止他，Ichabod和Abbie需要得到专业法医的帮助。他们决定找Brennan和Booth用21世纪的科技解开18世纪的秘密。