本季开始的时候，Tony DiNozzo在医院里醒来。他中弹了……幸亏身上穿着防弹衣。Rachel来帮助他唤醒「失去的记忆」，特别是第八季结尾照片上那个人。

在回忆情节里，NCIS小组的每个人都在追查Tony的真实任务，包括Gibbs。

Ducky发现EJ切过Levin的手腕（第7季结尾）。

海军上校Wright被杀了，手腕上有和Levin相似的切痕。这和Tony的秘密任务有关吗？

Tony记起他找到EJ索要被拿走的微芯片。如果EJ不信任他就得不到他的帮助。EJ否认自己知道微缩胶卷里的内容。

Levin和Wright都在海军情报局待过一段时间，他们都在监视其他间谍。

一个叫Stratton的FBI探员来到医院寻找Tony的病房，看到Rachel在病房里便找了个借口离开。

EJ承认自己将微缩胶卷交给Wright，但Tony告诉她Wright已经死了。逃过一劫后，两人乘车离开。

Abby和McGee发现微芯片是某种电子门的「开门钥匙」。

Levin和Wright都为一个叫Sean Latham的人工作，他们的任务是阻止恐怖分子发动袭击。微芯片里有许多敏感情报，「坏蛋」千方百计想得到这些情报。Gibbs要抢先拿到微芯片，而EJ和Tony很「便利」地将微芯片送到了他家里。

Cade、EJ和Tony在一条小巷里会面，结果却中了埋伏。三个人都中枪了－－Cade死了，EJ失踪了，Tony在医院醒来。

Tony记起照片上的人是Cade。他一直在追踪Cade，是EJ帮他引诱出Cade。他还记起了小巷里开枪袭击他们的人－－是Stratton。但FBI称他们不知道这个人。

与此同时，Latham带着一枚微芯片来到一个高度机密的房间，Stratton带着第二枚微芯片在等他。他们开始指挥买家「竞价」。

Gibbs翻阅Mike Franks的旧档案，发现一张照片，Latham、Wright和Stratton都在上面。Gibbs知道这件事还没完。