制片人曾经说，本季将回归第一季的模式，等同于一部「全新的剧集」，此言果然非虚。但制片人还说过，Peter至少在前两集不会出现，此言真假各占一半。在这一集里，Peter Bishop从时间线上消失，两个世界勉强维持着联盟关系，而Olivia Dunham和边缘案件调查组必须追踪一个奇怪的连环杀手。

镜中人

Peter激活「末日机器」后，将两个世界联系在一起。Peter消失了，而观察者们也很乐意让他保持「消失」状态。不过Peter的幻象仍不时出现在与他关系密切的人的生活中（例如Walter和Olivia），这让观察者们很不安。观察者决定委派「九月」执行一项特殊任务－－将Peter的「存在」的痕迹彻底抹除。「九月」买来一堆奇怪的电子器件，组建起一个奇怪的仪器。与此同时，Walter由于不知道Peter是什么人，所以对Peter的幻象感到恐惧。「九月」来到Walter的住处外激活了机器，他只要扳下最后一个开关就可以让Peter的幻象彻底消失，但他却犹豫了……「九月」最终放弃了任务，让Peter能够继续在Walter的生活中「存在」下去。夜里Walter再次在电视屏幕上看到Peter，惊慌失措之中砸烂了电视机。

第一次……重逢

在新的时间线上，正常世界里的Lincoln Lee是康涅狄格州哈特福德市的一名FBI探员，对边缘案件毫不知情。他和他的搭档（你肯定认识他……）在追踪嫌疑人时遇到一个奇怪的半透明人，他的搭档不幸丧生。Olivia和Astrid闻讯赶到现场，但她们并不认识Lincoln（因为他们没见过面）。在这条时间线上，Walter把自己关在实验室里「大门不出、二门不迈」，Astrid成了Olivia执行外勤任务的搭档。Astrid通过特殊的视频通讯系统与实验室里的Walter进行实时交流。Lincoln被排除在调查行动之外，这让Lincoln很不高兴。Lincoln设法找到了Walter的实验室，要求Olivia说明真相。他用「搭档之死」为理由来打动Olivia，让他加入边缘案件调查组。Broyles同意了Lincoln和Olivia的请求，提升了Lincoln的身份等级，并向他展示了超过30具同类案件受害人的尸体。

线索是……重金属？

Olivia试图寻找受害人之间的关联，Lincoln提供了一条有价值的线索：他的搭档一直在服用含铁药片。Walter检查了其他受害人，发现铁药片不是关键，关键是……所有受害人血样中都有重金属微粒。

新的威胁

Olivia和Lincoln发现了新的规律：凶手是沿着上下班路线袭击受害人的。他们试图沿着铁路线找到凶手。两个FBI探员在一个车站发现了那个半透明的凶手，但被他制服。Lincoln和Olivia闻讯赶来，Lincoln留下照顾受伤的同事，而Olivia进入仓库寻找凶手。在经过一番打斗之后，Olivia开枪杀死了半透明的凶手。与此同时，Lincoln也制服了另一名凶手。但这群半透明人显然不止两个！

Walter对其中一个半透明人进行了解剖，从他体内取出一个类似变形者技术的新装置。Olivia准备将这个装置交给Olivia-nate研究。Olivia称这可能是一种新的变形者，但Olivia-nate只是轻描淡写地说她会调查此事。第一次见到平行世界的Lincoln对眼前的一切感到吃惊。