两名12岁少年被快速生长的真菌杀死，边缘案件调查组介入调查。与此同时，Walter在圣克莱尔精神病院的医生Bruce Sumner再次出现，试图评估Walter现在的精神状态。

两名少年想要欺负另一名少年，后者把他们引入一个隧道。奇怪的真菌附着在这两名少年身上，令他们的身体快速脱水、腐烂，直至死亡。Olivia和Lincoln很快找到了第三名少年，Aaron，发现他并未受到感染。他们把Aaron带到Walter的实验室进行进一步检查。Walter发现Aaron流露出孤独感，便尝试与他交流。他们谈起了Walter儿子Peter。Walter告诉Aaron（其实是告诉观众）：他的儿子Peter生重病死了，他跑到平行世界去寻找另一个Peter。可是当他把平行世界的Peter带回来时，Peter不慎掉入冰湖中淹死了（两个Peter都死了，所以Peter「不存在」）。

Walter和Astrid检查一名受害人的尸体时，发现受害人的尸体正在膨胀。他们赶紧将尸体装进密闭的容器，尸体很快爆炸并释放出无数孢子。Walter赶紧打电话警告Olivia，可为时已晚－－停放在太平间的另一具尸体也爆炸了，两名工作人员当场死亡，所幸正在路上的Olivia和Lincoln安然无恙。

Walter认为强紫外线可以杀死真菌，但Olivia建议使用火焰喷射器。正当他们在案发时的隧道焚烧墙壁上的真菌时，Walter实验室里的Aaron突然开始怕光并惊声尖叫。Walter意识到Aaron的大脑可能和这些真菌连接在一起，立即叫停了Olivia的行动。Aaron向Walter承认自己去过隧道多次，并感觉到某种东西在陪伴他，令他不再感到孤独。Aaron还称真菌让他把那两个欺负他的孩子引到隧道里，但并不知道真菌会杀死他们。

Walter得出一个新结论：那些真菌就像人类的神经网一样相互连接在一起，形成巨大的、可以自主思考的神经式网络，Walter甚至给它起了名字：Gus。由于Gus和Aaron一样感到孤独，所以他们的脑波形成了某种联系。Gus的发展十分迅速，六英里外一个流浪汉成了第三名无辜受害者。一旦Gus进入城市的下水道系统，后果不堪设想。Broyles决定再给Walter两个小时－－时间一到，他将不得不彻底杀死Gus，即便那意味着Aaron可能丧命。

Walter的研究毫无进展，而Gus已经扩散到地铁站附近。Broyles命令Olivia、Lincoln和一名Massive Dynamic公司派来的技术员进入隧道，向Gus的中枢系统注入致命的毒素。Gus的反应极为强烈，直接杀死了MD的技术员，困住了Lincoln。与此同时，Walter发现Gus是利用Aaron的情感来和他「联系」的，于是想方设法说服Aaron不要惧怕孤独。Aaron打破了自己和Gus的连接，Gus开始萎缩并死亡，Aaron和Lincoln都得救了。

Walter被不断出现的幻象折磨得快要发疯了。他甚至打算用针刺穿自己的大脑！可是Olivia却称Walter并没有疯，因为她也看到了那个「奇怪男人」的幻象，还将他的模样描绘了下来。他们都无法说清楚这究竟是为什么，Walter称他们必须查清这个人真实身份。

根据此前的暗示性剧透信息，Peter可能在第四集正式回归，但我无法确认。