在第四季大结局的上半部分，制片人狠狠地将观众玩弄了一番。David Robert Jones死了，真正的幕后主脑出现了－－此人就是此前制片人支支吾吾不肯明说的William Bell（Leonard Nimoy）。更糟糕的是，Walter被迫再次面对自己一生中最黑暗的时光，而且还有一个角色中枪了！

波士顿一处人群密集的地区发生神秘的人体发热并「自燃」（从内部燃烧）事件，顷刻间已有数人遇难。附近的人意识到他们不能移动，否则也会遭遇同样的下场。Walter、Astrid、Peter和Olivia都赶到了案发现场，他们也被眼前的情形吓了一跳。Walter从一个勇敢的护士Jessica身上取了些血样，发现她的手指上有斑点－－可能是来自附近的自动扶梯的「脏东西」。

他们对自动扶梯进行了详细检查，赫然发现那些斑点并非「脏东西」，而是一种微小的纳米机器人，能够进入血液并快速影响人体。Walter无法判断这些幸存者还能活多久，于是Jessica主动提出当Walter的「小白鼠」。

Jessica被运回哈佛实验室，Olivia发现她离了婚并独自照看着年幼的女儿，生活过得很不容易，顿时对她产生怜惜之情。Jessica的身体开始发热，而Walter的「解药」还需要一段时间。Olivia情急之下使出了自己的「超能力」，用意念力控制住Jessica体内的纳米机器人，Jessica转危为安。Olivia不知道自己是怎么做到的，但很显然她拥有「分子级别」的控制能力。Olivia随后将Jessica移交给警方送回家去。Jessica本集没有再出现，但……她下一集还会出现的，这是我们早就知道的事情。而且她的「天真善良」不一定是真的！

监控录像显示在自动扶梯上动手脚的人正是边缘案件调查组一直在苦苦寻找的David Robert Jones。但Walter仔细检查那些纳米机器人后却认为Jones不是幕后老大－－William Bell才是！「这种特别的结构只有他能做到！」

Jones向William Bell报告任务失败的消息，William Bell说了一番「棋论」，然后称「他们必须牺牲掉一个Bishop」。这句话一语双关－－既是说棋盘上的「象」，也是说「Peter Bishop」。

Walter试图让Nina Sharp相信William Bell还活着，但Nina怎么也不肯相信。Nina甚至称William Bell是自杀的（因为淋巴瘤让他极为痛苦）。Walter决心证明自己的观点。

Peter带Walter回到了他最不愿意去的地方－－圣克莱尔精神病院，他待了无数年也被折磨了无数年的地方。尽管没有什么收获，但Walter借来了当年医院登记访客的记事本。

Peter和Olivia正在家中温存时，忽然发现一束强光从天而降，顷刻间摧毁了一栋大楼。当时Broyles就在附近。Walter怀疑Jones打算将波士顿「烤焦」。Astrid发现了Jones用来控制卫星的频率。Walter让Peter和Olivia立刻赶去破坏卫星控制装置。与此同时，Walter利用他的柠檬蛋糕、Cortexiphan药物和从医院记录本撕下来的一页纸发现了一枚指纹，还有杏仁留下的黑色痕迹－－William Bell很喜欢杏仁。Walter决定去寻找William Bell的踪迹，Astrid只好陪他一同前往。

Olivia和Peter找到了Jones的卫星控制器，成功关闭了卫星信号，但……Jones对Peter发动突然袭击，差点把他打死。在另一栋大楼楼顶的Olivia只能眼睁睁看着Jones殴打Peter……情急之下，她的超能力再展神威－－她竟然能够遥控Peter的身体！在Olivia控制之下的Peter很快制服了Jones，并最终导致Jones死亡。Jones临死前才如梦方醒：William Bell要牺牲的人原来是我！我才是那个「象」！

Walter和Astrid来到一个仓库－－这当然是个陷阱！Astrid掏出枪与一群武装分子对射。在逃跑的过程中，武装分子开枪击中了Astrid，Astrid倒在Walter怀里……William Bell从阴影中走出来，向他的「老朋友」Walter Bishop打招呼。

不用担心Astrid会死掉－－在4×19的未来情节中，Astrid不是活得好好的吗？