一个神秘的小男孩出现在沉睡谷镇，许多人因此而患上奇怪的病症。当Ichabod也出现问题之后，唯有Abbie和处于虚空之中的Katrina能够挽救危局。

一个身着古老服装的小男孩（名叫Thomas）追踪一个小女孩闯进沉睡谷镇，但小女孩突然消失了。死亡骑士的兄弟瘟疫骑士（同样无头）出现在树林里，Thomas疯狂逃命，最终晕了过去。Abbie被叫到现场进行调查，Ichabod也跟着一起来了。Thomas嘴里念诵着中古英语（Middle English），只有Ichabod能听懂。或许Ichabod不是沉睡谷镇唯一的时间旅行者？Thomas显然对陌生的环境充满恐惧感，而且他身上带有一种奇怪的病症，他的脉络全都变成了黑色。不久之后，许多与Thomas接触过的人都发生了同样的情况，当地医院立刻进入紧急状态来应对「未知传染病」。

Thomas称自己来自罗阿诺克（Roanoke），于是Abbie和Ichabod大胆推测他并非来自弗吉尼亚州的小镇罗阿诺克，而是来自北卡罗来纳州罗亚诺克岛（位于北卡罗来纳州戴尔县）——根据历史传说，16世纪晚期英国女王伊丽莎白一世派人在罗亚诺克岛建立永久性英国殖民地。经过一批又一批人的努力，后人所知的「弗吉尼亚殖民地」（Virginia Colony）终于被建立起来。1585年，英裔白人殖民者与西班牙殖民者之间爆发一场战争，最后一批来到「弗吉尼亚殖民地」的114名殖民者在战争中神秘失踪（1587-1590），他们的下落至今仍是个谜。历史学家对这一事件有着不同的观点，但他们都将这一事件称为「消失的殖民地」。 这起事件是公认的美国历史上第一个神秘事件。

Abbie和Ichabod跟随Thomas的足迹进入树林，发现他来自树林外侧一座四面环水的小岛。Ichabod敏锐地发现了树上的标记，穿越一条秘密路径来到……罗阿诺克！原来当年失踪的罗阿诺克殖民地居民已经穿越时间来到现代，这些人的容貌、衣着、口音都和消失前一模一样，仿佛他们没有经历过岁月的变迁。罗阿诺克居民告诉Abbie和Ichabod，瘟疫骑士让他们每个人都染上瘟疫，但第一个因瘟疫而死亡的小女孩的鬼魂引导他们从原来的殖民地迁到这座岛上，保护他们免受瘟疫的影响。Thomas只有回到这座岛才能获得救治，否则瘟疫骑士必将重返人间。

Abbie和Ichabod意识到他们必须阻止瘟疫骑士和死亡骑士会合，否则敌人的势力会更加强大！糟糕的是Ichabod自己也出现感染症状。在强行隔离期间，Ichabod梦到自己在摩洛神统治的炼狱中与Katrina相见。两人互诉衷肠，但Ichabod更关心摩洛神为什么想要妻子的灵魂（Katrina和其他人的灵魂被摩洛神囚禁在炼狱中）。没等Katrina说明真相，Ichabod就回到了现实。Abbie在医院教堂祈祷时「灵光乍现」，意识到「水」是治好瘟疫的关键。在Irving警长的授意下，Abbie从医院「偷」走了Ichabod和Thomas。

Ichabod几乎走不动了，Abbie给了他一针肾上腺素（Ichabod：我喜欢！）。他们好不容易回到罗阿诺克，Ichabod和Thomas在最后一刻沉入岛中央的井中，治愈了瘟疫。快速迫近的瘟疫骑士消失了……沉睡谷镇被感染的其他人也同时恢复正常。

等等！罗阿诺克的所有人再次神秘失踪了！他们去哪了？事实上……他们并不存在。「Thomas很久以前就死了，罗阿诺克所有人都死了。」Ichabod向Abbie解释道，「你的信念能让你看见眼睛看不见的东西。」Thomas的灵魂是在被「引诱」到沉睡谷镇后才有了肉身，Abbie看到的一切都是虚幻的。Abbie很庆幸Ichabod留在沉睡谷镇（虽然他在这群古代罗阿诺克人当中感觉更自在）：「You belong in Sleepy Hollow in the here and now.」

另一方面，Morales侦探质问Irving警长为什么把Ichabod留在警局，Irving警长反称Morales在吃醋（Abbie是Morales的前男友），已经失去了理智。为了揭开真相，Morales决定打电话向牛津大学调查Ichabod的身份，怎料接电话的一个女人竟证实「Ichabod确实是我们的教授」。电话那端究竟是什么人？她为什么要保护Ichabod？